El laboratorio trabaja siguiendo una política de calidad que se rige según los principios fundamentales de:

- fiabilidad (rigurosidad en la obtención de resultados)
- eficiencia (servicio técnico con el menor coste para los industriales y ganaderos)
- transparencia (información diaria y exhaustiva a industriales y ganaderos)

En la mayoría de los casos, para la obtención de buenos niveles de calidad dentro de la diversidad de actividades que se desarrollan en las empresas es necesaria la realización de medidas sobre el producto. La calidad de estas medidas depende, en gran parte, de la calidad global de un laboratorio.

El sistema de calidad queda definido en el manual de calidad y en los documentos del sistema; y, en él, se ve implicada toda la organización.

Para el aseguramiento de la calidad, el laboratorio dispone de sistemas de control, planificados y revisados, basados en un análisis estadístico, para comprobar la validez de los resultados de los ensayos y de las calibraciones. Estos controles incluyen, entre otros, el uso habitual de materiales de referencia y la participación programada y periódica en ejercicios de intercomparación, tanto con las propias industrias transformadoras (contraste diario de cisternas, envío de muestras ciegas y ensayo colaborativo mensual organizado por el ALLIC), como con el resto de Laboratorios Interprofesionales de España (ensayos intercomparativos oficiales y obligados por el Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación del Estado.) y también con los principales Laboratorios Interprofesionales Europeos (ensayos organizados por Ceca-Lait (Francia); A.Hüfner (Alemana).