El laboratori de l’ALLIC està dividit en departaments, equipat amb els elements necessaris per a una òptima realització de les seves tasques, cadascun dels quals té una funció específica dins el conjunt del laboratori. Els departaments dels quals consta són: laboratori de química de referència i anàlisis especials, laboratori d’anàlisis automatitzades, laboratori de microbiologia, unitat de garantia de la qualitat, direcció tècnica, informàtica, servei extern, administració i gerència.