El laboratori treballa seguint una política de qualitat que es regeix segons els principis fonamentals de:

- fiabilitat (rigurositat en l’obtenció de resultats)
- eficiència (servei tècnic amb el menor cost pels industrials i ramaders)
- transparència (informació diària i exhaustiva a industrials i ramaders)

En la majoria dels casos, per a la obtenció de bons nivells de qualitat dins de la diversitat d’activitats que es desenvolupen en les empreses és necessària la realització de mesures sobre el producte. La qualitat d’aquestes mesures depèn, en gran part, de la qualitat global d’un laboratori.

El sistema de qualitat queda definit en el manual de qualitat i en els documents del sistema; i, en ell, s’hi veu implicada tota l'organització.

Per a l'assegurament de la qualitat, el laboratori disposa de sistemes de control, planificats i revisats, basats en una anàlisi estadística, per comprovar la validesa dels resultats dels assaigs i dels calibratges. Aquests controls inclouen, entre d'altres, l'ús habitual de materials de referència i la participació programada i periòdica en exercicis d'intercomparació, tant amb les pròpies indústries transformadores (contrast diari de cisternes, enviament de mostres cegues i assaig col·laboratiu mensual organitzat per l'ALLIC), com amb la resta de Laboratoris Interprofessionals d'Espanya (assaigs intercomparatius oficials i obligats pel Ministeri d'Agricultura, Pesca i Alimentació de l'Estat.) i també amb els principals Laboratoris Interprofessionals Europeus (assaigs organitzats per Ceca-Lait (França); A.Hüfner (Alemanya).